Ανάπτυξη web εφαρμογής για αναγνώριση δευτεροταγούς δομής αλληλουχιών RNA
Διπλωματική Εργασία


Περιγραφή

Στόχος Διπλωματικής Εργασίας

Στόχος της Διπλωματικής Εργασίας είναι η ανάπτυξη web εφαρμογής η οποία θα επιτρέπει στον χρήστη να εισάγει μια δομή RNA σε μορφή αλφαριθμιτικού βάσεων (A, U, C, G) και θα του επιστέφει τα πιθανά stems σε μορφή dot-bracket. Το σύστημα αναγνώρισης δομών RNA με το οποίο θα επικοινωνεί η web εφαρμογή έχει ήδη υλοποιηθεί και εκτελείται σε ξεχωριστό server.

Συνοπτική Περιγραφή Διπλωματικής Εργασίας

Το RNA είναι απαραίτητο για διάφορες βιολογικές διεργασίες, από τη μεταφορά γενετικής πληροφορίας μέχρι τη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης. Υπάρχει ισχυρή συσχέτιση μεταξύ της δομής ενός μορίου RNA και της λειτουργίας του. Ο πειραματικός προσδιορισμός των δομών του RNA είναι δύσκολος και οι ακριβείς μέθοδοι προσδιορισμού της δομής ενός μορίου RNA είναι χρονοβόρες, με μεγάλο κόστος και η ακρίβειά τους περιορίζεται από το μήκος του RNA. Μια βασική δομή του RNA είναι αυτή του ψευδοκόμβου (pseudoknot).

Προαπαιτούμενες γνώσεις

Γλώσσα προγραμματισμού Python

Τύπος

Προγραμματιστική

Στοιχεία Επικοινωνίας

Παυλάτος Χρήστος pavlatosc@gmail.com Γραφείο 0.0.3 στο Κτήριο Υπολογιστών (Ισόγειο)

Τσανάκας Παναγιώτης, panag@cs.ntua.gr, Καθηγητής

ΕνδεικτικήΒιβλιογραφία:

[1] T. R. Cech and J. A. Steitz, “The noncoding RNA revolution–trashing old rules to forge new ones,” Cell, vol. 157, no. 1, pp. 77–94, 2014.

[2] S. R. Eddy, “Non–coding RNA genes and the modern RNA world,” Nature Reviews Genetics, vol. 2, no. 12, pp. 919–929, 2001.

[3] M. Zuker, “Calculating nucleic acid secondary structure,” Current opinion in structural biology, vol. 10, no. 3, pp. 303–310, 2000.

[4] J. Ritz, J. S. Martin, and A. Laederach, “Evolutionary evidence for alternative structure in RNA sequence co-variation”, PLoS computational biology, vol. 9, no. 7, p. e1003152, 2013.

[5] R. D. Dowell and S. R. Eddy, “Evaluation of several lightweight stochastic context-free grammars for RNA secondary structure prediction,” BMC bioinformatics, vol. 5, no. 1, p. 71, 2004.