Υλοποίηση σε υλικό Συντακτικού Αναλυτή για την αναγνώριση του RNA
Διπλωματική Εργασία
| Επιβλέπων | Παναγιώτης Τσανάκας |
|---|---|
| Συσχετιζόμενο μάθημα | Αρχιτεκτονική Υπολογιστών |
Περιγραφή
Το RNA (ριβονουκλεϊνικό οξύ) είναι απαραίτητο για διάφορες βιολογικές διεργασίες, από τη μεταφορά γενετικής πληροφορίας ως αγγελιοφόρου μέχρι να δρα ως ρυθμιστής για τη γονιδιακή έκφραση [1-2]. Ένας ισχυρός συσχετισμός μεταξύ της δευτερογενούς δομής ενός μορίου RNA και της λειτουργίας του είναι γνωστό ότι υπάρχει [3-5]. Η δευτεροταγής δομή οποιασδήποτε αλληλουχίας RNA μπορεί να αναπαρασταθεί ως ένα αλφαριθμητικό dot-bracket, όπου μια κουκίδα σημαίνει μια μη ζευγαρωμένη βάση ενώ σχετιζόμενες παρενθέσεις υποδηλώνουν δύο βάσεις που σχηματίζουν ένα ζεύγος βάσεων. Οι ακριβείς προβλέψεις μπορούν να οδηγήσουν στην κατανόηση της λειτουργίας του RNA, στην αναγνώριση νέων λειτουργικών RNAs σε αλληλουχίες γονιδιώματος και στην αναγνώριση εξελικτικά σχετικών RNA σε άλλους οργανισμούς. Πρόσφατα έχουν προταθεί γραμματικές προσεγγίσεις [6-8] για την πρόβλεψη των δευτερογενών δομών του RNA με δεδομένη μια σειρά αζωτούχων βάσεων, με πολλά υποσχόμενα αποτελέσματα. Οι μεθοδολογίες που χρησιμοποιούνται εμπίπτουν στην περιοχή της συντακτικής αναγνώρισης προτύπων.
Το τεράστιο μήκος των σειρών αζωτούχων βάσεων που πρέπει να επεξεργαστούν και η απαίτηση για την επίτευξη όσο το δυνατόν ακριβέστερων προβλέψεων μετατρέπει την εφαρμογή ενός συντακτικού αναλυτή που είναι βελτιστοποιημένος για απόδοση πιο χρήσιμο και επιτακτικό από ποτέ. Δύο βασικοί παράγοντες που μπορούν να επηρεάσουν θετικά την απόδοση του συντακτικού αναλυτή είναι αναμφισβήτητα η προσέγγιση υλοποίησης (σε λογισμικό ή σε υλικό) [9-12] καθώς και η γραμματική που θα επιλεγεί.
Περισσότερες πληροφορίες:
Παναγιώτης Τσανάκας, panag@cs.ntua.gr, 210 7722541, 210 7724394
Χρήστος Παυλάτος, pavlatos@cslab.ece.ntua.gr, 6945779553